2015. aastast ilmuvad Novaatori uudised Eesti rahvusringhäälingu veebilehe teadusrubriigis ERR Novaator (novaator.err.ee).

Novaator - Avatud märkmiku teadus
20.11.2013 14:30

Avatud märkmiku teadus

Mart Zirnask
Skype:
mart.zirnask@ut.ee
Loe kommentaare (0)
Samal teemal (1)

2015. aastal saavad maailma esimesed teadusajakirjad – Journal des Sçavans Prantsusmaal ja paar kuud hilisem Philosophical Transactions of the Royal Society Inglismaal – 350 aastat vanaks.

Sügavalt teadusesse juurdununa on see trükipressist innustunud suhtlusmudel nüüdseks tekitanud erisuguseid olukordi.

Näiteks Göteborgi ülikooli infoteaduste professor Jan Nolini järgi saab paljusid tänapäeva teaduse harjumusi määratleda kui «paberkonstrukte». Teadlased on küll digitaaltehnoloogiad omaks võtnud, aga uurimistulemuste avaldamisel klammerdutakse ikkagi paberisse või seda imiteerivatesse elektroonilistesse vormidesse. Paberi kui vormi piiratus on piiranud-kujundanud ka mõtteviisi, kuidas teadust üldse saaks ja teha tuleks, kirjutab Nolin.

Nüüd, seda vormi uuesti määratledes, määratleme uuesti ka selle, mida teadus õigupoolest tähendab.

Austraalia kvantfüüsik ja publitsist Michael Nielsen viitab viie aasta taguses essees, et 17. sajandi oludes «tõepoolest kõige avatum süsteem teadmiste vahetamiseks» takistab nüüd tõhusamaid lahendusi, kuna tasustab endiselt ajakirjades, mitte uues meedias publitseerimist.

Internet on märkimisväärselt suurendanud seda osa teadlaste loodud kasulikust teadmisest, mis on ühtlasi publitseeritav, viitab ta. Ühtlasi on käsil «suurim muutus loomingulises protsessis pärast kirjutamise leiutamist» ning teaduskirjastused on alustanud muutumist teenusettevõttest tehnoloogiafirmaks.

Nielseni järgi on teaduse ideaalkriteerium  äärmuslik avatus: avalikustada võimalikult palju eri liiki infot ja teha see loetavaks mitte ainult inimestele, vaid ka masinatele.

Uurisin veidi üht, võib-olla veidi tahumatut, aga põnevat sellealast katsetust: nn avatud märkmiku teadust (open notebook science). Nüüd mõned märkmed.

Esiteks

Avatud märkmiku teaduse filosoofiline tuum on lihtne: teadlane teeb reaalajas avalikuks kogu uurimistöö käigu. Riputab veebi kõik algandmed, ebaõnnestunud ja õnnestunud katsed ja märkmed-mõtisklused.

Veidi tihedam avatud märkmiku alane poleemika näis internetiruumis toimuvat nullindate teises pooles. Pakuti, et see lihtsustab nn negatiivsete andmete avaldamist (katse tehti, aga see ei õnnestunud, sest...), nende nägemine võimaldaks teistel uurijatel omakorda säästa aega ja grandiraha ega korrataks juba tehtud vigu.

Lisaks loodeti, et see sööb välja praeguse mudeli: kuna teaduskarjääri edukus sõltub üsna üheselt artiklite avaldamisest, on kusagil peaaegu alati keegi, kes teeb samal ajal sama asja. Sa ei tea seda täpselt (ega tunne teda), aga tead, et pead publitseerima esimesena, hüpoteetilisest konkurendist varem. Mängu tuleb õnn.

«Konkurents on kasulik, aga see ei peaks raiskama aastaid uuringuaega,» kirjutas ühes selleteemalises arutelus bioinformaatik Pedro Beltrao.

Teiseks

Avatud märkmiku teaduse mõiste võttis 2006. aastal kasutusele Ameerika Ühendriikide Drexeli ülikooli keemik Jean-Claude Bradley. 2005. aastal alustas ta viki-põhist projekti UsefulChem. Praegu otsitakse-katsetatakse avatud märkmikes uusi ühendeid malaaria ja HI-viiruse vastu ning arseeniga saastunud vee puhastamiseks. Kõrvalprojektina on aga loodud ka orgaaniliste ainete lahustuvuse ja sulamistemperatuuride andmestud, viimases neist on praeguseks infot 27 000 ühendi kohta.

Paljudel uurijatel on hoolega korrastatud keemia-alast infot, mis ei ole avalik vaid seepärast, et keegi pole küsinud, viitab Bradley.

«Tõsi on, et üldisesse kasutusse avatud märkmikud läinud ei ole,» mõtiskleb ta, kui teda e-posti teel tülitan. «Aga suurema osa kasust saab kätte juba üksikute panustajatega. Selle lähenemise mõjukuse suurimad näitaja on minu jaoks see, et ainete lahustuvuse ja sulamistemperatuuri kohta tehakse ligi tuhat päringut päevas. Ja päringuid uurides tundub, et enamik neist annavad otsijatele kasulikke vastuseid.»

Vahel uurib Bradley (avaliku info abil) otsingusooritajate tausta ning püüab nendega ühendust võtta.

«Sageli näeme otsinguid, mis on seotud keskkonnaprobleemidega, nagu toksikoloogia või kemikaalide pinnasesse imendumine,» ütleb ta. «See avab pildi teadusinfo vajaduste kohta ja annab võimaluse pakkuda infot täiesti avatult, mis on minu meelest kõige tõhusam viis teaduse arengule kaasa aidata.»

Tänavu mais ajakirjas Chemistry World avaldatud kommentaaris mõtiskles Bradley, et suletumas teadusruumis oli oluline usaldus kolleegide vastu, kes olid teinud eksperimendi ja haldasid andmeid, aga võisid ikkagi vahel eksida. «Täna on see valik. Parimal juhul ei tohiks usaldusel teaduses üldse kohta olla,» kirjutab ta.

Tänavu suvel Bradley osalusel käivitatud uus projekt «Chemical Rediscovery Survey» püüab koguda võimalikult palju avatud vormingus toorandmeid kahe ühendi segunemise tagajärgede kohta.

Kolmandaks

Oma nokitsemine toimub ka Eestis: teadusülikoolide, Eesti loodusmuuseumi ja keskkonnaministeeriumi ühise võrgustiku NATARC juhitud infosüsteem PlutoF  võimaldab uurijail elusloodusega seotud andmestikku veebis hallata, analüüsida ja avalikustada.

«Haldus on esmatähtis, kui räägime avatud juurdepääsuga andmetest,» arvas akadeemik ja NATARC-i nõukogu esimees Urmas Kõljalg oktoobri lõpul TÜ raamatukogus toimunud avatud juurdepääsuga teaduse nädala konverentsil. «Enamasti on teadlane andmete haldamisel jäetud saatuse hooleks. Kasutatakse Excelit, tekstifaile – aga neid hiljem repositooriumisse üles laadides peab ta täiesti otsast peale alustama. Me ei hakka kirjutama oma tarkvara e-posti või tabelarvutuse jaoks, vaid kasutame seda, mis juba olemas. Ma ei usu, et avatud andmete ideestik suures plaanis käivitub, kui teaduses ühiseid tarkvaralahendusi ei ole.»

2012. aastal kasutas infosüsteemi PlutoF enam kui 19 000 uurijat (sh harrastusuurijat) 35 riigist, veetes süsteemis päeva jooksul keskmiselt pool tundi. Eesti-keskseid PlutoF-i andmestuid koondab näiteks eElurikkuse projekt.

Neljandaks

Jean-Claude Bradley mõõtu avatud märkmiku entusiasti Eesti internetiruum siiski esimese hooga ei paljasta.

«Olen sellele mõelnud, aga kuna pole seni olnud positsioonis, kus seda ise otsustada saab, siis pole sellega lõpuni läinud,» mõtiskleb Jaan Aru, TÜ teadvuseuurija ja kauane teadusblogija. Küll on ta kirjeldanud oma pooleliolevaid projekte vahel lühidalt veebis.

Teadusleidude ettevaatamatu avalikustamine võib projekti rahastajatelt kaasa tuua karmi trahvi, viitab ka TÜ arendusprorektor Erik Puura. Aga kui rahastaja seda ei tõkesta?

«Peaks mõtlema, kas äkki pole leiutatud midagi sellist, mida võiks ettevõtluses kasutada ning mille arvelt võiks Eesti majandus tulu saada,» arvab Puura. «Teisalt, kui siiski avalikustada, peab sellel olema mõte. Minu hinnangul on peamiseks mõtteks inimeste harimine.»

Seega on teaduse avatus vajalik  just laiemale avalikkusele. Ka Aru leiab, et järjepidev projektide kirjeldamine veebis oleks ühiskonnaga suhtlemiseks hea vorm.

«Tavamõistes on teadus midagi selget, kindlat ja mõneti elitaarset, kuid neid avatud kirjeldusi lugedes saab igaüks aru, et ka teadlased eksivad, teaduses on palju ebaselgust, teadus toimub kukkudes ja komistades,» mõtiskleb ta. «Teadlased muutuksid ühiskonna silmis inimlikumaks.»

Ning see võib hoogu anda ka teadlase enese tööle. «Vähemalt minu kogemus näitab, et pidevalt asju kirja pannes võib oma projekti kohta avastada midagi, mis muidu oleks varjule jäänud,» ütleb Aru.

Viiendaks

Jaan Aru arvates on üks suurem avatud märkmike filosoofia pidur siiski paljude teadlaste hirm ideevarguse ees (millele PlutoF-i sarnases süsteemis peaks siiski kiirelt jaole saama), Bradley on peale selle rääkinud ka «piinlikkusest».

Valdkonniti tervitavad uurijaid aga ka erinevad juriidilised takistid: keemilised ühendid ei mõtle ega avalda arvamust, ent meditsiini- ja inimteaduste puhul on mängus tundlikud isikuandmed. Lingvistid peavad arvestama, et rääkivat inimest on võimalik hääle järgi tuvastada. Ka võib humanitaaria uurimismaterjal – tekstid – olla autorikaitse all. Näiteks.

Internet on avatud teaduse eri vormide diskussioone täis, vastava juriidikaga maadleb Euroopa Komisjon ning ka Eesti Teadusagentuuris on töörühm siinsete õigusaktide paikaloksutamiseks.

Seni aga kostus avatud juurdepääsuga nädala (open access week) konverentsil TÜ raamatukogus ikkagi arvamus, et Eesti kodaniku õigus salastamisele on suurem kui avalikkuse õigus asju teada saada. See takistab ka nende teaduuuringute läbiviimist, mille tegijaks ei ole ülikoolid.

Kuuendaks

Kui palju avatud märkmike teadus maksab, mul uurida ei õnnestunud. Jean-Claude Bradley kasutab hulka erisuguseid (vabavaralisi) veebitööriistu, akadeemik Kõljalg pandi konverentsil infosüsteemi PlutoF ülalpidamiskulusid hinnates samuti kimbatusse.

John Wilbanks, projekti «Science Commons» kunagine asepresident, on mõtisklenud, et kogu avatud juurdepääsu debati kese – innovatsioon – kipub lõpuks alati mattuma vaidlusesse kasumite, ärimudelite ja seadusandluse üle.

Artikkel ilmus ajakirjas Universitas Tartuensis.

 

Allen Watkin /Flickr 23.07.2014 11:41

Näotuvastustarkvara ... kassidele?

Pirtsakate lemmikloomade peremehed saavad kergemalt hingata.

UCSB 16.06.2014 16:09

Hõbeda nanoosakesed võtavad sihikule vähi

Üliväikestest hõbeda nanoosakestest loodetakse tulevikumeditsiinis palju – nende abil saaks viia kasvajate diagnoosimise oluliselt täpsemaks või toimetada ravimeid kehas täpselt sinna, kus neid vaja läheb.

23.05.2014 18:20

Taimed reedavad keemiarelva kasutamise

Valge sinep kogub keelatud ründemürke.

02.05.2014 12:47

Kui palju inimesi mahub maakerale? (4)

Millal jõuab kätte piir, mil maakera inimestele kitsaks jääb?

21.04.2014 13:25

Mis on Eesti rikkus viie rikkama riigi hulgas? (1)

Mitut kriisi näeme enne, kui suudame tegelikult uskuda Eesti majanduse edusse? Millest ei saa mööda vaadata tuleviku ettevõtete juhid? Kas Eesti jõuab aastaks 2032 Euroopa rikaste hulka ning millega? Mis on Eesti tõeline rikkus?

14.04.2014 13:44

Aasta 2032: maailma tõsiseim mure on joogivesi (2)

Maakeral on puudus puhtast joogiveest. Inimene kujundab keskkonda jõuliselt enda käe järgi ümber. Eesti põlevkivitööstusel seisab ees hääbumine.

18.03.2014 11:15

Uut tüüpi värvid ei pleegi kunagi

Pigmendivabade nanovärvide loojad said inspiratsiooni loodusest.

29.01.2014 16:24

Veega printimine hoiab paberit kokku (3)

Nutikas tehnoloogia lubab paberilehte kasutada mitu korda.

09.01.2014 16:08

Puud reedavad kullaleiukohti (1)

Kullasoonel kasvavad eukalüptid koguvad väärtuslikku metalli lehtedesse.

16.12.2013 14:40

Galerii: Eesti parimad teadusfotod 2013

Kes võitsid viienda Eesti teadusfotode konkursi?

11.12.2013 11:38

Tammetüves peituv kliima

Geograaf Kristina Sohar lõi esimese Eesti minevikukliima mudeli, mis põhineb puu aastarõngastel.

29.11.2013 20:05

Tulevikus neelame nanotablette

Pisikesed nanoosakesed lubavad ravimi viia otse haiguskoldesse.

20.11.2013 14:30

Avatud märkmiku teadus

2015. aastal saavad maailma esimesed teadusajakirjad – Journal des Sçavans Prantsusmaal ja paar kuud hilisem Philosophical Transactions of the Royal Society Inglismaal – 350 aastat vanaks.

24.10.2013 16:35

Kuidas otsida ja leida vanu raamatuid?

Eelmisel nädalal leiti Tallinnast raamatu köitematerjali hulgast fragment 1457. aastast pärit Mainzi psaltrist, mis on pärit trükikunsti leiutaja Johannes Gutenbergi eluajast.

10.10.2013 12:15

Nobel: Mehed, kes viisid keemia arvutisse

Tänapäeval teevad keemikud palju tööd ära juba arvutimudelite abil, minnes alles seejärel laborisse.

08.10.2013 15:14

Nobel lisab Higgsi osakesele kaalu (1)

Füüsika Nobeli pälvisid kaks meest, kelle töö andis põhjust ehitada maailma kalleim katseseade. Selles tehtud eksperimentide tulemuste arusaadavalt selgitamiseks korraldatakse võistlusi.

Wikimedia Commons 05.06.2014 16:38

Kui valikuline on tähelepanu?

Miks ilus inimene rahvasummas silma jääb? Või ka kauguses kostuv pidurikrigin liiklusmürast üle kostab?

13.05.2014 09:32

Iseparanev plast lapib auke

Nutikas polümeer jäljendab vere hüübimist.

22.04.2014 20:00

UFO-usk on Eestis tõusuteel (8)

Eestis on kristlasi pea sama palju kui kõikvõimalike uute religioossete praktikate toetajaid, mõlemaid umbes viiendik elanikkonnast. Maaväliste tsivilisatsioonide olemasolu usub pea iga teine, selgub äsja Tartu ülikooli usuteadlaste poolt läbiviidud küsitlusest.

15.04.2014 16:36

Lääne-Euroopa probleemid jõuavad Eestisse (4)

2032. aasta Eesti põlisasukad peavad oskama kohaneda Aafrika ja Aasia sisserändajatega.

11.04.2014 14:42

Kas päike on aastaks 2032 maa peale toodud? (4)

Piiramatu arvutivõimsus ja termotuumaenergia kasutuselevõtt oleksid võrreldavad muutusega, mille tõi inimkonnale kaasa internet. Aga kas meil õnnestub lahti muukida universumi olemuse üks põhiküsimusi?

12.02.2014 16:32

Kui suur on neutriino mass?

Salapäraste osakeste massi piirväärtuse tõstmine parandab kosmoloogilist standardmudelit.

15.01.2014 12:43

Milleks on vaja unenägusid? (1)

Kas unenäod väljendavad mällutalletamise protsessi?

30.12.2013 18:11

Mida on võimalik teada saada mobiiltelefoniandmeid analüüsides?

Kõigil on taskus mobiiltelefon, mida kasutades jätame me endast pidevalt jälgi: iga kõne, SMS või internetiühendus jätab andmebaasi märgi.

12.12.2013 10:37

Taevakivist leitud üliväikesed teemandid näitavad nanotehnoloogias uusi võimalusi (1)

Poole sajandi eest Maale kukkunud meteoriit, mis on vanem kui Päikesesüsteem, sisaldab teadaolevalt kõige väiksemaid eriliste kiirgusomadustega teemante.

03.12.2013 12:43

Kui vana on sinu keha? (2)

Kõhukas kolmekümneaastane võib füüsilise vormi poolest kuuluda pigem pensionieelikute sekka. Heas vormis 70-aastane harrastussportlane aga olla võrdne 25-aastastega.

22.11.2013 18:16

Aatomid kuulavad sõna

Kontrollitud spinniga osakesed lubavad luua üliväikseid mäluseadmeid.

13.11.2013 13:07

Uus viis nähtamatuks muutuda (1)

Äsja loodud seade kasutab esemete peitmiseks elektromagnetvälja.

10.10.2013 13:45

Kuidas kõlas Suur Pauk?

Kosmilise jääkkiirguse muutused tõlgiti inimkõrvale kuuldavateks helideks.

08.10.2013 21:32

Elavhõbe teeb maalid mustaks

Õhus leiduv kloor ja valgus meelitavad metalli punakast värvipigmendist välja.

 
Küsi teadlaselt
Teatavasti vee ruumala paisub nii soojenemisel (aurustumisel) kui ka jäätumisel. Oletame, et on üks anum, mis on vett täis ja on purunematu. Mis hakkab juhtuma siis, kui sundida sellel veel jäätuda?
Jaak Kikas, Tartu ülikooli füüsika instituudi direktor :

See on huvitav küsimus, millele täpse kvantitatiivse vastuse andmine polegi nii lihtne. Üldiselt aga võiks vastata nii: kui paisumisvõimalus puudub,

Loe edasi!
Esita küsimus Kõik
Tartu Ülikool
Idee
Veider teadus